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余胜军起义之前，林哲就已经对余胜军各部进行指挥体系上的调整，这种调整并不涉及到现有部队的具体编制，只是一种指挥体系上的调整。
余胜军各混成团、协防团等团级规模的部队加起来总数已经超过了二十个，而余胜军军部，或者说林哲个人已经不可能直接指挥这么多团级部队，因此建立起更高级别的固定作战编制已经成为了必然，这也是林哲年初建立第一步兵师的直接原因。
按照道理来说，余胜军应该是按部就班把诸多的混成团、协防团逐步改变为师或旅级的固定战斗编制。
然而随着1856年清廷大肆编练新军，尤其是李鸿章的江淮新军快速扩编，导致林哲被迫加快了起义的步伐，而这也就让林哲没有足够的时间对各部队一一改编然后整编为固定的师旅战斗编制。
为了不影响现有部队的战斗力，林哲只能是继续沿用现有部队作战编制，只是又建立了三个师级指挥机构，用以统一指挥某个地区的部队而已。
由此就是诞生了余胜军内的第二步兵师、第三步兵师、第四步兵师。
上述三个师和第一步兵师不同，第一步兵师乃是林哲亲自率领的部队，筹建之初就是打破了各混成团的作战编制，编成了单纯的三个步兵团：第一步兵团、第三步兵团、第四步兵团以及第一炮兵团、第一辎重团、第一骑兵团等。
上述诸部都是余胜军内最为精锐的精华部队，士兵以老兵为主，汇集了大量精干的中下层军官。
武器装备优良。其中第一炮兵团辖有足足十八门十二磅火炮，另外有六门六磅骑兵炮。六门三十二磅臼炮。另外各步兵营也是配属了满编的四磅步兵炮，共有二十四门之多。
其所辖的第一骑兵团也是余胜军内的老部队。战斗力不是今年才编成的第二骑兵团可以相比的。
第一步兵师汇集了大半余胜军的精华，但是后面的三个师情况就是有些掺差不齐了，毕竟建立这三个步兵师，主要目的还是为了短时间内解决某个地区内的余胜军统一指挥问题，而不是说改变现有编制建立师旅级别的固定战斗编制。
由此以溧水地区的第二混成团为核心，加上第四协防团、第五协防团、第六协防团组建第二步兵师，由第二混成团团长林安飞兼任第二步兵师师长，该部主要负责江苏西南部以及邻近皖南部分地区的战事。
实际上，溧水地区的第二混成团以及三个协防团之前就是一个整体。最开始的时候是由徐言青统一之后，后来由林安飞接任第二混成团团长后，就由林安飞统一指挥。
也就是说，第二步兵师的组建是完全根据溧水现有部队进行的，只是把以前的笼统指挥名分正式以第二步兵师的方式给确定下来。
第三步兵师和第四步兵师也是一样。
其中第三步兵师以原驻防常州、金坛等地的余胜军为主，编有第五混成团、第六混成团、第一协防团、第八协防团，以第五混成团团长施清瑄兼任第三步兵师师长一职。主要负责常州到镇江府一带的战事。
第四步兵师则是以徐言青从上海带过来的
