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浙直总督宋应昌指挥浙直各路大军围剿倭寇，在陈瀚协助下自宁波、绍兴、松江、嘉兴四府县逐步向杭州湾围剿收网。王安海陆启航率南洋水师主力在杭州湾沿海配合陆路大军进剿逃窜的倭军倭寇。
大批倭军倭寇被赶着朝杭州府逃去，陈瀚率两万义军沿着浙东运河南北进剿，浙江参将骆尚志率万余官兵乡勇向南越过会稽山进入诸暨县一带阻截倭军倭寇流窜其余府县。
宋应昌从苏州府率五千京营赶到嘉兴府指挥各路大军进剿，命浙江总兵侯继高出兵湖州府德清县一带，又命浙江巡抚常居敬率杭州府官兵乡勇阻截倭军倭寇继续流窜，宋应昌亲率五千京营兵马沿杭州湾北岸围堵倭军倭寇登陆流窜。
在舟山海战中北逃流窜到杭州湾一带的三千余倭军倭寇被王安海指挥南洋水师一路追杀落荒而逃，以大村纯宜为侍大将的倭军倭寇纷纷向绍兴府萧山县杭州府之间钱塘江入海口逃去。
随毛利胜信浮海伐明的九州筑后国上妻郡大名筑紫广门率六百家臣武士深入湖州府一带劫掠，没有接到毛利胜信撤军令，筑紫广门得知浙江总兵侯继高率万余明军杀i，慌忙带着两千余倭军倭寇贼寇向西窜逃进天目山中躲避。
浙江官军大多被派到嘉兴府宁波府两线作战，省城杭州府守军兵力单薄，浙江巡抚常居敬临时组织起三千官兵乡勇巡防。
常居敬吸取杭州府于万历十年三月至五月接连爆发兵变民变‘浙二乱’前车之鉴，没有从杭州城中招募游手好闲之辈，而是从杭州府各县招募猎户及乡勇巡防，已先支付一半粮饷，避免多事之秋再次发生变故。
万历九年三月，大明朝廷开始定各省兵马钱量数减饷引发矛盾重重，积怨已久的杭州防汛（倭寇秋汛i袭）募兵不满，募兵聚众讨要说法得到杭州官员接见安抚，但并没有解决问题。
杭州衙差经常盘剥勒索贫民小商贩，缙绅大户勾结官府免去徭役，社会贫富等级差距加大，募兵中多是依附市井恶少（黑社会）游手好闲之辈。
激进愤青生员丁仕卿等人商议趁机以变防汛火甲法，杭州百姓都恨严苛的防汛火甲法，丁仕卿进京上访被安抚回杭州，刚回杭州就被抓捕下狱施以酷刑成为杭州兵变民变导火索。
募兵最先哗变造反，混乱之中，数百名游手、贫民、小商贩纷纷在丁仕卿等激进份子领导下趁着兵变之际袭击杭州城中缙绅四十户，杭州府兵变民兵演化成暴乱，虽被迅速镇压下去，朝廷地方政府也开始实施缓和社会矛盾措施。
万历十九年（1591年）十月初一，京营各武官听信流言误以为朝廷欲减其俸粮，纷纷聚众冲入长安门，欲向内控诉。
正好遇上疏请裁冗员以裕经费的监察御史曾乾享兄长工部尚书曾同亨下朝到长安门，义愤填膺的京营武官们纷纷大声嚷嚷大哗，对曾同亨围而辱之。
眼看着大明天子脚下京营武官就要哗变，刚执掌兵部的兵部尚书石星闻讯火速请旨赶i，传旨解散京营武官。掌后府定国公徐文璧被夺俸半年，守门官由法司提审问罪。
明朝中后期时常发生兵变，
