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朱载坖同时还明确谕令户部，今年不再增加向西域的转运粮秣数量，同时为了保证陕甘等地的仓储事宜，朱载坖决定从内阁拨银一百万元，给陕甘等处州县，用以采购粮食收储在常平仓、备荒仓中，增加这些地方抵御灾荒的能力，同时在这些地方增加马铃薯等备荒作物的种植，以保证这些地方部出现粮荒。
同时还要改变对于转运粮秣的规矩，之前西征大军的粮秣转运是有户部和总督仓场衙门一道与兵部和经略西域衙门一道确定好数量，然后户部命令各府州县应当转运多少粮秣，由各府州县予以实施，这样不仅效率低下，对于百姓来说也极为不便，虽然朝廷三令五申，要求地方官府在处理这些事情上必须要给百姓相应的工价，但是实际上仅仅是被都察院巡按御史所抓获的地方官府克扣工食银甚至是无偿征发的事情，就不在少数，这对于百姓是极为不妙的。
所以朱载坖经过商量之后，决定实施官运和商运，从明年开始，负责转运西征粮秣的各州县、卫所，只用把应当解运的粮秣运送的所在布政使司或者是都指挥使司的所在地，由户部组织商贾给价运输，同时抽调蓟镇、京营、宣大、陕甘等镇的辎重营，前往协助运输粮秣。
朱载坖也很清楚，向西域转运粮秣，并不是一时半会儿就可以结束的，要等到朝廷在西域的屯垦有了成效之后才有可能减少甚至逐渐停止对于西域的转运，同时之后大明如果要经略青藏，一样是需要大量的运输力量，这点是很重要的，所以朱载坖还传令兵部、五军都督府和练兵军务处，在甘肃设立征西兵站，按都指挥使司建制，编制专门的运输力量，同时沿嘉峪关到哈密、庭州、交河等地设立兵站，以加强朝廷的后勤力量。
之前为了加强西域的军情传递，邮传总署已经在西域建立起相对比较完善的驿站和急递铺、递运所等机构了，但是对于粮秣的转运和兵站的设置，还不甚完整，朱载坖命令在从嘉峪关到西域各地的道路上设立兵站，加强朝廷的补给能力，负责物资的中转、补给和伤病员的救治、后送及过往人员的食宿等。编有指挥和专业勤务部门，设仓库、医院和运输、装卸、修理、食宿、加油等保障分队，以及工程、警卫、通信等辅助分队。有的还开设若干分站。对于保障部队行动具有重要作用。
同时将这些兵站予以独立出来，专门设立一个兵站都指挥使司，下辖若干卫所，主要有辎重兵组成，负责为西征官军提供后勤给养，管理这些兵站，同时也是朝廷加强对于西域控制的一个重要手段，将征西大军的后勤牢牢掌握在朝廷手中，防止西域官军藩镇化，这是极为重要的。
对于朱载坖的一系列处置办法，户部虽然仍旧有意见，但是在申时行等人的调和下，也算将此事按下来了，朱载坖也以密旨的形式命令李成梁相机行事，不必再奏了，将前线用兵的事情交付了李成梁和吴兑处理。
而就在这个时候，直隶巡按御史任养心上疏弹劾李如松等人，他在奏疏中说道：“李氏兵权太盛。姻亲厮养分操兵柄，环神京数千里，纵横盘踞，不可动摇。如松贪淫，跋扈尤甚。不早
