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对于按察使司和大理寺分司的关系，这个也是这次官制大调整的重要问题之一，因为在地方，实际上有三个承担的司法职能的机关，首先当然是按察使司，其次是大理寺分司，还有就是巡按御史，他们之间的关系和他们和府州县司法官员的关系都必须要厘清，否则的话就会产生互相推诿塞责的事情。
原本朝廷为了限制地方权力，对于按察使司的司法权力限制的很死，按察使虽然掌管全省的刑名案件，其审理权限仅仅限于徒刑以下(包括徒刑)的案件，徒刑以上的案件必须报到刑部审理。就是怕地方官员滥用刑罚，也是朝廷慎刑思想的体现。
对于这种慎刑思想，朱载坖当然也是予以认同的，但是这样一来，刑部的压力就非常之大了，大明这么大，各种案件最后都要上奏刑部和大理寺复核，显然是不可能的，所以朱载坖认为将部分案件下放给按察使司和大理寺分司，减轻刑部和大理寺的压力，同时提高效率，使得刑部和大理寺能够专注于重大案件和死刑的复核。
朱载坖认为，流刑以下的案件，按察使司审结之后，将人犯及卷宗移送大理寺分司复审，如果大理寺分司复审无误，即可生效，若大理寺分司复审之后仍然认为有疑点的案子，应该将其上奏刑部、大理寺处理。
同时对于死刑的复核，在按察使司上奏刑部之后，大理寺分司也要提审嫌犯，单独制作相关卷宗，与巡按御史一道会审，将大理寺分司复核的情况单独上奏大理寺，以供大理寺在复核的时候参考。
还有一个重要的问题就是要理顺地方官府和按察司的隶属关系、权责划分，朱载坖在和重臣们商量之后认为，县尉作为朝廷的基层司法官员，他们主要负责轻微案件和地方的民事纠纷的处理，如杖刑的判决等，县尉可以立即判决并且执行，徒刑县尉可以判决，但是必须要报请州府推官复审之后，报按察使司复核，但是徒刑以上，就不是县尉能够处理的了。
徒刑以上，县尉无权处理，只能收集证据、口供等，上呈州府，由推官负责审断，尤其是涉及到人命重案，必须由州府一审之后，上报按察使司和大理寺分司二审才行，同时州县推官也主要接受按察使司的管理，而不是正印官的管理，目的就是逐渐剥夺正印官的司法权，将司法权归属于法司而非地方官府，州县正印专注于行政。
而按察使司最重要的职能就是统帅一省的巡检司和管理户帖，统计人口，这是朝廷赋予按察使司的重要权力，朱载坖很清楚，按察使司在地方的重要职能是维护治安，而治安的维护主要就是通过各个巡检司来完成的，对于盗匪的缉捕、剿灭，是按察使司的重要职能，负责巡检司的按察副使要负责对于一省的盗匪剿灭、户帖登记、巡检司的训练，同时和地方官府协调，对于大股的流寇，与地方官府、卫所一道予以扑灭。
对于按察使司下设的各道，也要予以统一，将清军和整饬兵备合二为一，称整饬兵备清军道，负责辖区内部的清军、缉捕逃兵、核实军籍、检查军储、军器等事项。
还有就是驿传道，负责整顿辖区内部的驿站，保障
