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朱载坖这次召集的人员还是相当之多的，各部院衙门的主官，内阁辅臣，参赞军务大臣，商量对于兵部的改革，兵部职权极重，兵部掌武卫官、土官选授考课及军制、训练、征调、镇戍、边防、仪仗、禁卫、驿传、厩牧、军械、符勘、兵籍、武学等军事行政，其堂官往往督军出征，本部操赏罚进退将帅之柄，职权尤重。下设武选、职方、车驾、武库四清吏司，又领司务厅、会同馆、大通关。
可以说之前的兵部在军事上的话语权极重的，兵部尚书往往在有关军务的事情是一锤定音，不仅仅是如此，还有军政军令，几乎都是兵部在管理，五军都督府完全沦为空架子。
所以朱载坖这次改革的主要目的就是要一个什么样的兵部。原本的兵部职权确实是太重了，兵部本来是一个文职衙门，但是却包办行军用兵，这也是之前官军往往战败的重要原因的，虽然朱载坖一再提重将权，但是并没有制度上的保障，这次朱载坖就是要以制度来保障武将们在临敌决断上的权力。
朱载坖先说道：“诸位，国之大事，在祀与戎，军务朕所素重，事关天下安定，朕不敢掉以轻心，故而事涉兵部，朕与诸卿共商其事。”
首辅张居正首先说道：“陛下，兵部专掌军务，职权犹重，然国朝安定，有赖于此，陛下宜深思之。”
张居正的意思很隐晦，就是他也认为兵部现在的职权有些过重了，但是张居正也提醒朱载坖，正是由于有兵部强有力的掌握了军队，才使得武夫不那么跋扈，大明也从没有藩镇之祸，这是朱载坖要考虑的。
朱载坖当然知道张居正的意思，虽然兵部的权力过重确实会影响大明的战斗力，但是兵部集权有一个好处，就是可以杜绝将领专兵的可能性，所以朱载坖必须考虑这种可能，就是既然加强将领的权力，又要保障朝廷对于军队的绝对控制，决不能出现藩镇的可能性。
朱载坖也向臣子们首先阐述了自己的看法，朱载坖认为兵部应该是一个军政机关，而非军令机关，也就是要将兵部的指挥权予以削除，但是加强兵部的管理权，对于朱载坖的大方针，重臣们还是表示了支持，因为这么多年以来，大明官军屡战屡败，很大程度上和文官掌兵还是有很重要的原因，从嘉靖年间起，以唐顺之为首的一批官员就呼吁过要重将权。
而朱载坖即位以来，官军之所以能够接连大胜，除了官军的后勤得到了有力的保障之外，朱载坖严令督抚不得干预将帅临阵指挥，放手给提督总兵们指挥也有很大的关系，所以在场的重臣们也认可朱载坖提出的这一方案。
兵部尚书汪道昆也主动发言，认为现在兵部的职权过重，确实不利于朝廷，应该从兵部中划分出一些职权出来，以平衡朝局，其实在场的重臣们都很清楚，朱载坖向从兵部划走的就是职方司，因为在兵部中，直接和智挥作战有关的就是职方司了。
两京兵部都设有职方司，京师兵部职方司掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事;三年一报地图，以听征调之令;阅视修浚城池，因事增置镇戍将校，设兵屯戍;巡视操练，请命将出
