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朱载坖很清楚，太祖成祖和仁宗宣宗这四位是没有什么大的争议的，真正争议比较大的主要在英宗、武宗、世宗这几位上。
关于为英宗配享太庙的功臣，除了朱载坖所指定的郭登之外，群臣们只要有两个人选，一是李贤，二是王直，王直是在土木之变发生后坚定支持于谦守卫京师，而李贤则是在英宗夺门之变后稳定朝局，最终除掉石亨、曹吉祥等一干所谓的夺门功臣。
当然李贤最大的功劳还是定策元勋上，朱祁镇病危时，卧于文华殿。正好有人向朱祁镇离间太子朱见深，朱祁镇被谗言动摇，暗中告诉李贤此事。李贤叩头伏地说道：“这样的大事，愿陛下三思。”朱祁镇说：“那么一定要传位给太子吗？”李贤又叩头说：“如此则宗庙社稷幸甚。”朱祁镇起身，立即派人召朱见深来。
所以朱载坖最终选择李贤配享太庙，朱载坖说道：“李贤河岳之英，钟为哲人。体貌明粹，践履真淳。潜心六籍，濯旧来新。不二以止，乃翕而信。受知英皇，忠信日亲。密勿帷幄，人望如神。太平宰辅，定策元勋。当以之配享英庙，以全君臣之义也。”
至于肃宗，则以于谦一人配享肃宗皇帝，宪宗皇帝则以商辂、彭时予以配享，孝宗则以王恕、王越配享太庙。
麻烦事武宗和世宗两位，武宗皇帝应该由谁来配享太庙这是朝廷之上现在激烈争论的地方，对于武宗皇帝的配享功臣，朝廷上有不同的看法，最开始内阁议定的是李东阳、杨廷和，但是杨廷和被朱载坖勾去了，李东阳朱载坖并没有表达反对。
但是头疼的是王守仁，现在不少的官员们都在上疏就王守仁是否应该配享太庙的问题进行讨论，理学派的臣子们认为王守仁虽然有平叛大功，但是他的学说为世人所诟病，不应当予以配享太庙。
但是心学出身的官员们认为，王守仁不但对大明有大功，自然是应当配享太庙的，两派官员为此互相攻讦，争斗不休，朱载坖于是问道：“诸位认为呢？”
张居正已经表明过自己的态度了，所以此时选择闭口不言，朱载坖于是问道：“申学士状元出身，学问自然是极佳的，不知道申卿怎么看现在心学与理学之争呢？”
朱载坖的这个问题让申时行有些头疼了，这个问题现在是朝廷最激烈的问题，心学与理学之争，现在已经到了不可调和的地步，以申时行的性格，是不愿意介入这些争端的，但是现在朱载坖都亲自问道此事了，申时行也不得不表态了。
申时行思索再三之后说道：“陛下，其谓崇王则废朱者，不知道固相成，并行不悖。盖在朱时，朱与陆辩，盛气相攻，两家弟子有如仇敌；今并祀学宫。朱氏之学，昔既不以陆废，今独以王废乎？大抵近世儒臣，褒衣博带以为容，而究其日用，往往病于拘曲而无所建树；博览洽闻以为学，而究其实得，往往狃于见闻而无所体验。习俗之沉锢，久矣！故心学与理学，皆有可采。”
这就很申时行了，申阁老的不出意外的准备和了，但是礼部尚书徐学谟就没有这么好的脾气了，虽然他是申时行的儿女亲家，但是在这个问题上，徐
