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朱载坖自己也多次思考这个问题，从效率上来说，确实是应该设立一个如同内阁的最高军令机关，来负责军务的处理，这点也是非常之重要的，加强朝廷对于官军的控制，提高反应速度等，但是具体应该怎么改革，这是朱载坖所要考虑的，兵权一向是非常之敏感的事情，一个处理不好，就会导致大的变乱，所以私下里多次召见重臣们，还有勋臣大将们，同时也通过密疏和地方的督抚、提督等重臣们交流，讨论现在制度的优劣。
对于现行制度，内阁是很满意的，因为虽然朱载坖以形式上剥夺了内阁的军事权力，但是内阁辅臣还是参赞军务大臣，在军事上还是有发言权的，同时兵部也可以通过军政机关的职能对于五军都督府和练兵军务处予以制衡，虽然朱载坖一直着力提升五军都督府的权力和地位，但是在实际的操作过程中，兵部的积威还是很重的，毕竟这么多年以来所形成的积威不是一时半会可以纠正过来的。
兵部在很大程度是仍旧能够对于军务有发言权，而且卫所官军和镇协官军毕竟是两个系统，也就意味着官军是有两套指挥系统的，对于地方来说还是比较麻烦，地方督抚对于卫所官军还是相对比较好控制的，但是镇协官军则相对不太好控制，因为现在这些提督们实权极重，同时有密疏上陈的权力，督抚要是威望不够的话，很难驾驭这些提督总兵们。
这点朱载坖也注意到了，骄兵悍将不是朱载坖想要的，朱载坖所想要的是一个高效、简洁而又安全的军事指挥体制，这点三个要求都很重要，指挥机关必须高效，要能够迅速作出反应，这点是极为重要的，战场形式瞬息万变，对于朝廷来说，军令机关必须迅速、准确的做出反应，为皇帝和朝廷决策提供依据。
简洁也就是为了保证高效，叠床架屋的设计必然导致指挥迟缓，对于作战来说是大忌，安全的重要性就自不待言了，涉及到军务，这自然是极为重要的，外防藩镇，内控京畿，这是保证安全的重要因素，这点是朱载坖必须要考虑的，如何平衡这其中的各种因素，是朱载坖所必须要考虑的。
朱载坖和太子也长谈了这个问题，朱翊釴也同样认为五军都督府和练兵军务处并立的局面不利于掌握官军，应该设立一个专门机构和兵部一道分掌军政、军令，朱载坖也认为应当如此，但是在朱载坖整顿军令机关之前，朱载坖首先是要整顿的是京畿兵防。
京畿兵防分为内外两重，外防主要由直隶总督负责，直隶总督下辖蓟镇、昌平镇、真保镇三镇官军，负责守卫内边，拱卫京师，是京畿外围兵防的主要组成部分，而京畿内兵防则就相对比较复杂了，主要由京营、亲军诸卫、禁兵、锦衣亲军还有刑部管理的京师警巡院所负责。
锦衣亲军和京师警巡院所负责的主要是情报、侦缉和京师的治安维护，而兵防则主要由京营、亲军诸卫和御马监禁兵所组成，其中京营由勋臣提督，亲军诸卫则由朱载坖所信重的大将提督，御马监禁兵则由内庭太监所掌握，还有直接负责宫禁的侍卫处，主要由勋臣子弟们所组成，这样就形成了一个互相制衡的京畿兵防体制，
