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对于朝廷来说，军队火器化之后，除了粮饷之外，对于官军来说，用弹药装备等加以制约也是一个重要的办法，朝廷要对于这些物资予以严厉禁榷，保证朝廷对于这些军需供应的绝对控制，同时在规划工业发展的时候，也要提前做好规划，对于涉及到军工的各种工场，在设置的时候也要充分考虑各种条件。
现在朝廷重点建设的是北直、徐州和辽东三个大型的工业官营工业基地，除此之外，对于广东、南直等地的民间工场也采取积极扶持的态度，朝廷每年从南直、广东采购大量的军器零配件，用以保证朝廷的军器生产，但是也要严厉禁止民间私造军器，朱载坖命令刑部发布告示，将各种火器也列入管制，对于私自持有朝廷制式火器的，比照持有强弩、甲胄加三等出发，对于火药和制造火药所用的硝石、硫磺也要予以禁榷，严格管制，私自制造火药的也要重处。
官军所用的各种军器、弹药，都要严格管理，尤其是弹药，官军各部参谋司要与统兵大将一道制定年度训练计划，官军每年训练要消耗多少弹药，多少弹药用于储备准备作战，然后上报五军都督府和练兵军务处，在五军都督府和练兵军务处批准之后，将各都司、镇所需要的弹药制成表格之后，上陈朱载坖批准之后才下达给兵部，由兵部督促军器监生产。
除了日常训练和战备的弹药之外，除沿边沿海的官军可以多留存一些弹药之外，其余各部官军的多余弹药都储备在朝廷的大型军资仓库中，由锦衣亲军负责看守，按照朝廷的指令予以调拨。
除了对于军器弹药装备的控制之外，对于粮饷的控制也是很重要的事情，大明现在的军粮、军饷发放仍旧是沿袭之前的形势，由朝廷转运给官军各部，然后在各级军官们组织下进行军饷的发放，虽然朝廷也派出了清军御史等核实官军人数，但是朱载坖很清楚，这种军饷发放方式给了各级军官以舞弊的空间，官军中军官肆意克扣军饷、吃空饷等现象十分常见，甚至朱载坖可以毫不客气的说，现在的官军各部，无论是都司卫所还是镇协官军，甚至是京营、亲军诸卫、御马监禁兵都有克扣军饷的事情发生。
朱载坖认为，如果在沿用之前的粮饷供给模式，各种弊端丛生，士卒军饷被克扣，各级军官从中上下其手，空饷等情况无法杜绝，还有更加的重要的就是士卒无法对朝廷和皇帝忠诚，毕竟他们的粮饷直接掌握在上级军官们的手中，不管这些粮饷是怎么来的，毕竟是经过这些军官们发给士卒的，所以很多时候士卒们和主帅关系过于密切，这显然不是朱载坖想要的局面，粮饷都是民脂民膏，是百姓的膏血，朝廷的供养，要忠君爱国，才是官军的目的。
所以朱载坖认为要改革官军的粮饷发放制度，朱载坖说道：“以朕所知，各级将校利心重者不独以少报多，且扣其褂、粮价等费，层层剥削，所余无多，此为官军之大弊也。”
这点确实是大明官军甚至是前代军队的通病，统兵大将将军中的一切事情全部统管，各级军官们也是如此，士卒们的一切事物都在主官手中掌握，这就必然导致了在军饷、军粮的拨发
