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在以皇帝名义对回教加以安抚并且稳定了国内的局面之后，对于回教的限制就开始了，为了防止其势力过分扩张，同时不让回教干预政治，朝廷规定这些回教的所谓长老只能传教布道，不能干涉民间事务，不得掌理民间词讼;废除回教各掌教之名，统称“老师傅”。太祖还拒绝撒马尔罕内徙。有的地方甚至还禁止在元代任高官的穆斯林后人参加科举考试，不许其为官。
更加重要的就是对其民族的同化，为了防止蒙古和色目人日滋繁衍，太祖下令凡蒙古人、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者，杖八十，男女入官为奴，通过这种方式加强对于回教和色目人的管理，削弱其影响力，应该说大明的这个政策是非常成功的，现在大明内地的回教和其他宗教没有任何区别，都服从大明朝廷的管束。
所以太子认为这一套办法是行之有效，可以继续沿用，毕竟现在大明腹地的回教，还是相当之恭顺的，回教同汉文化的相互融合，将回教的基本教规、教义、生活习惯同中国传统的儒家思想结合起来，在信安拉、信天使的同时，也推崇儒家的纲常伦理。如果一个回教穆斯林想要成婚，也会尊重中国传统社会的“父母之命、媒灼之言”，还要遵从本人同意。
朱载坖听了之后没有发表意见，而是询问皇太孙对于此事的意见，皇太孙认为如果要按照太祖、成祖的办法进行的话，就不是一代两代人能够达到的事情，而且西域和大明腹地毕竟是有区别的，这点还是注意的。朱载坖反而同意了皇太孙的意见。
朱载坖不是反对太子的意见，太祖、成祖之法确实是良法，但是太祖成祖之法的实施是要条件的，大明官军当时可谓是威震天下，这点色目人或者是回教势力是不敢轻举妄动的，在这种情况下朝廷才能够顺利的实施各种政策，而且尽管蒙元时期回教和色目人势力庞大，但是也只是相对而言。
在中原毕竟汉人是占据绝对优势的，只要朝廷的政策合适，将之予以同化只不过是时间问题罢了，但是西域则完全不是这样，对于西域来说，这些少数民族在当地占据了人口的绝大部分，官军反而是外来势力，同时最重要的问题就是这些回教势力和大明腹地的回教势力是有本质上的不同。
首先这些地方的回教势力更加原始也更加强大，这和大明腹地是不同的，虽然蒙元时代的回教势力也很强大，但是那只是相对而言，相比于中原的儒释道三家来说，回教势力仍然只是一个很渺小的力量，但是西域则是完全不同的情况了，西域的回教势力已经是相当的强大的。
西域回教势力的强大主要表现在他们已经形成了政教合一的政权，这是朱载坖绝对不能容忍的，天无二日，民无二主，任何宗教都必须匍匐于朝廷之下，这点是朱载坖一再强调的，而显然西域的回教势力已经突破了这些底线，现在即便是官军消灭了叶尔羌汗国这个政权，他们也不会就此罢手的。
这些回教势力已经尝到了权力的滋味，他们怎么可能轻易的放弃，朝廷要在西域建立起大明的统治，就必须摧毁回教在西域的统治，这点是毋庸
