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朱载坖很清楚，对于倭国肯定是要严加防范的，防止其东山再起，成为大明的祸患，最好的办法就是将其加以郡县，但是此事不可操切，否则的话反而会遭到反噬，所以要逐步推动，现在首先是削弱倭国的抵抗能力，对于倭国境内的各种反抗势力予以消灭，同时在文化上予以同化。
除此之外，还要对于倭国的行政区划予以调整，按照大明的府州县体制予以设立，为日后的郡县打好基础，朱载坖当然很清楚，这样做势必会在倭国激起反抗，但是朱载坖就是要激起这些倭人的反抗，否则的话，朱载坖就没有借口严厉镇压这些倭人，同时对于倭国朝廷予以清洗，再安插大明官员或者是忠于大明的倭国官员，这点是非常之重要的。
这些事情朱载坖需要先做起来，趁朱载坖还能够有精力的时候，将这些事情尽可能的推动起来，只要形成了强大的惯性，这些事情最终就会水到渠成的完成，所以朱载坖对于此事还是很重视的，除此之外，自然就是卫所的改革和西北的屯垦以及水利事宜，朝廷为此编制了大量的预算，准备分五年投入一千五百余万元的资金，整顿西北的水利和交通，同时整顿西北的军屯。
西北主要有陕西都司、甘肃都司、青海都司、宁夏都司和西域的各个卫所所组成，现在隶属于左军都督府管理，下辖各卫所六十余个，首先自然是对于这些卫所的整顿和军屯的恢复，朱载坖命令行都督府和卫尉寺、都察院首先核实现在实用军户数量，补充军户到各个卫所之中，同时组织军户力量清理军屯，分配土地，兴修水利，这次的水利兴修，不仅仅要动员各个卫所的军户，地方官府也要参与进来，制定详细的方案，不仅仅要修好各种水利工程，同时要加以维护，同时制定合理的水源分配办法，保证地方和卫所的屯田都能够从中受益。
除此之外就是在河套等地大规模种树，不仅是为了巩固边防，也是为了保护这些水利设施，减少风沙和水土流失，使得黄河的泥沙含量减少，减少水患，同时也要在河南大兴水利，加强堤防，以保证北方的粮食产量，对于边防任务较轻的地方，可以将卫所改为屯卫，增加屯垦的比例，保证粮食供应。
除此之外，对于现在的大明来说，最重要的就是加强经略西域，对于西域道路交通情况的改善和兵站体系的设立，朝廷对于西域的供应能力得到了加强，以从嘉峪关到哈密为例，哈密距嘉峪关一千五百余里，本设十八站，在经过兵站都司的确定之后，沿途设置兵站二十五处，用于轮换骡马，休息士卒等，可以在十六天将西域官军所需要的物资运抵哈密，然后以哈密为转运中心，将现在朝廷所控制的各种的各种地方予以串联起来。
现在朝廷接济西域的驿道是从京师出发，经由北直隶、、山西、陕西、甘肃等省省会，到达嘉峪关，然后经哈密越天山，到达交河、庭州等地;但是朱载坖认为，除了这些道路之外，还要添设北线补给道路，北线自张家口和南线分道，一路向西，经山西、陕西、甘肃各省北部进入蒙古地界，直抵巴里坤。
同时还要和蒙古商量，开辟经由土默特部
