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朱载坖现在要对西域南部用兵，所以说对于西域北部的卫拉特蒙古，朱载坖希望采用较为和平的办法对卫拉特部加以拉拢，使得官军可以腾出手来南下伊犁等地，迅速讨平西域，这点是极为重要的，所以对于卫拉特部的条件是相对比较宽松的。
朝廷不会大规模干涉卫拉特内部的事务，驻军科布多等地也主要是为了解决大明的西北边防问题，这点是极为重要的，在安定了倭国之后，朱载坖必须对于蒙古事务有一个完整的规划，为大明日后对于蒙古的战略制定好办法，所以朱载坖决定召开国务会议，召集内阁辅臣、军机大臣以及相关的部院衙门官员，同时和临边督抚们一道就此事进行商讨。
朱载坖首先命令兵部、锦衣亲军等衙门就大明现在所掌握的情况向朱载坖和重臣们加以汇报，现在蒙古部落中比较大的就是三部，第一就是所谓的漠南蒙古，主要是以土默特部为主，包括原来土蛮、鄂尔多斯等部的余部等，和大明的关系是最为密切的，土默特部和大明的关系是相对比较密切，现在顺义王和大明的关系也是最密切的，他们住牧在边墙之外紧邻大明的草原上，和大明通商贸易，是现在蒙古诸部中最亲大明的部落了。
其次就是所谓的喀尔喀蒙古人，其实和土默特部是同出于东蒙古的，在大明初年，蒙古分裂为东西蒙古。西蒙古就是瓦剌部，游牧在杭爱山以西、天山以北的草原，东蒙古则是鞑靼部，而蒙古大汗的牙帐在东蒙古。蒙古大汗达延汗即位以前，在东蒙古中央地带已经形成了六个大万户，但是除了蒙古大汗所在的察哈尔万户也就是土蛮部，其余万户都在异姓贵族统治之下。达延汗经过长期的斗争，结束了异姓贵族对各部的世袭统治权，同时将自己的子孙分封到六万户，在东蒙古确立了成吉思汗“黄金家族”的直接统治。
达延汗共有十一子。达延汗将其第六子阿勒楚博罗特与第十一子格哷森札札赉尔分别分封到喀尔喀万户的左翼和右翼。也就形成了现在的喀尔喀蒙古，喀尔喀蒙古所占据的住牧地是十分之广大的，接呼伦贝尔，西至科布多，南临大戈壁，北与布里亚特蒙古接壤。虽然和大明部直接接壤，但是依旧是大明必须要重视的势力。
然后就是卫拉特四部了，对于卫拉特四部，现在大明也已经是比较了解了，在之前大明主要打交道的对象就只是土默特部，对于大明来说，和蒙古打交道的目的主要就是为了使得大明的九边安定下来，在很多朝臣们看来，现在这样就已经很好了，土默特部对大明十分之恭顺，现在九边的危机已经解除了，所以现在的状态就是很好的。
但是朱载坖显然想的要更加遥远一些，土默特部现在对于大明自然是恭顺的，但是土默特部能否保证一直恭顺？或者是土默特部虽然能够保证恭顺，但是土默特部要是无法统御其余蒙古诸部了，一样对于大明是十分之麻烦的，而这种事情，在蒙古诸部之中其实是非常之常见的事情，这点对于大明来说是不得不防范的事情。
所以朱载坖认为，大明要纠正对于蒙古的态度，大明的出发点不仅仅只是保证大明的边防安全的问
