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洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落争取天下。炎帝部落老首领之子炽不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱。炎帝平息了叛乱后，炽下落不明。不久，炎帝被黄帝打败隐姓埋名远走他乡。多年后炎帝化名为神农，尝百草救世人，炽化名为瘟神，处处与神农作对，更制造出瘟疫，祸害世人，令神农苦苦无法破解。
炎帝部落的衰落使得争取天下的大战将在黄帝和蚩尤间展开。一次，双方交战正酣，突闻各自部下来报：自己部落中发生大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收兵，赶回各自部落查看救援。
黄帝发现自己的很多子民在这场大瘟疫中患病、丧生，忧心忡忡。人群中，黄帝发现了帮助救治病人的神农。两个老对手再次相逢。黄帝对神农既充满怨恨又十分敬重。尽管神农用尽了方法，也只能暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻底的消除瘟疫。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。
天宫中，玉帝的妹妹花神生性豁达善良，眼中没有尊卑长幼之分。玉帝的七个女儿七位仙女更被花神认做是知心的好姐妹。七位仙女虽然经常被花神的一些古怪想法和言行折腾得不知所以，苦不堪言，但是从心底尊敬和喜欢这位平易近人、性格爽直的长辈。花神带领七位仙女种植盘古大神死前留下的种子，实验无数次均遭失败，终于在一次偶然的机会下获得成功。在玉帝的建议下，众人把这种从未见过的东西以花神的名字命名为花。
黄帝二十五子，得姓者十四人。黄帝逝世后葬于桥山。其孙高阳立，即颛顼帝。颛顼死后，黄帝曾孙高辛立，即帝喾。喾死，子放勋立，即尧。尧死，舜立，舜是颛顼的六世孙。黄帝，颛顼，喾，尧，舜即是五帝。所以说黄帝是五帝之首。
灵云大陆划野分疆，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，大陆共分九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德（官名）共一百二十个官位管理国家。对各级官员提出六禁重，重是过分的意思，即声禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重，要求官员节简朴素，反对奢靡。提出以德治国，修德振兵，以德施天下，一道修德，惟仁是行，修德立义，尤其是设立九德之臣，教养百姓九行，即担任法官、后土担任狱官，对犯罪重者判处流失，罪大罪极者判处斩首等。
轩辕乃修德振兵，治五气，艺五种，抚万民，度四方，教熊罴貔貅虎，以与炎帝战于阪泉之野。三战然后得其志。蚩尤作乱，不用帝命。是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂依附杀蚩尤。太史公言黄帝名轩辕，国号有熊轩辕本意为车，应是指发明制作车的技术而得名的氏族及其首领的名称，如发明制作农耕工具技术称神农氏，发明制作捕捞工具技术而称伏羲氏，发明钻燧取火技术称燧人氏然。有熊国号。当时的国，实为部落。熊、罴、貔、貅、貙、虎为六种兽名，应是有熊部落中六个氏族的名称，或谓图腾。
据传他出生几十天就会说话
