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SEELE，没有人知道这个神秘组织起源于何时，也没有人知道他们到底有多大的能量。
唯一能够知晓的是，在SEELE的努力下，整个世界第一次组成了联合国军，第一次制造出了一个超国家的组织-NERV！全世界都为同一个目标而联合在一起，各国出钱出人，组建成了一个以对抗使徒保护世界为己任的超国际组织。所有参与进来的人都以自己的职责为荣，但是他们不知道的是，这一切都是假象！一切的一切都是SEELE自导自演的剧目。所有人在这个剧目中都是受到SEELE操控的木偶，身不由己。
在一处幽深的地底之下，十三座石碑依次亮起，石碑上依次浮现了古拉丁文代表的数字1，2，3，4，直到第十二个石碑Ⅻ亮起后，十二道人影出现在这个神圣的祭坛之上。
“十三号犹大已经背叛了我们！”
“需要给与他惩罚吗？”
第七号和第八号石碑上的人影发言道。
“不用，十三号的背叛是命运，也是计划书中的一环，他将是我们原罪的献祭者，只有犹大的背叛，才能带来我等人类的升华！”一号石碑上，一位略显老迈的身影发声道。
“NERV的使命即将完成，所有的生命之果即将回归亚当，而智慧之果尽皆归于莉莉丝！只要我等完成最后的承诺，人类必将迎来最终的归宿！新世纪的大门将为我等开启！”
“启动最后的预案，神临之日即将到来！”
随着一号石碑上老者的发言，另外十一位石碑上的身影齐齐发出附议，他们犹如进行宗教仪式一般，向着冥冥中不可描述的存在发出了自己的宣言。
世界毁灭的倒计时开始了！
。。。
最近一段时间，碇真嗣非常的烦恼，他甚至开始怀疑起自己战斗的目的。
使徒到底是什么？
EVA又是什么？
自己的父亲到底想要做什么？难道真的是像他自己说的那样，拯救世界？
别开玩笑了，如果拯救世界就是杀死别人，杀死别的生命，这样的世界有什么好拯救的！
而这一切源于他最后一场的战斗。
之前的使徒都是长得奇形怪状的怪物，那时候他可以毫不犹豫的将对方当做异类进行排除，但是等到第五适格者渚薰来到NERV后，情况发生了根本性的扭转。
白衬衫，黑长裤，棕灰的头发，红色的眼睛，这位名为渚薰的少年犹如一股拂面而来的清风，吹进了碇真嗣的心里。
但是碇真嗣绝对没有想到的是，这名在他内心深处留下重重一笔的少年居然是使徒。
使徒怎么会是人类，人类怎么会是使徒？
觉得遭受欺骗的碇真嗣疯狂的驾驶初号机攻击渚薰！
他要讨一个说法，他要问问渚薰，为什么要欺骗他，为什么使徒要和人类战斗，为什么明明是敌人还要和他做朋友。
但这一切的疑问都在渚薰自愿赴死后化为了泡影！
明明拥有最强的AT立场，甚至能够将EVA当做自己的奴仆进行战斗，身体强横
